Le pagine del Wiki sono scritte con semplice codice di testo chiamatowikitext. Questo codice è semplicemente testo, migliorato con una semplice sintassi.
Questo sorgente viene letto dal parser di DokuWiki e trasformato in XHTML dopo che un utente ha modificato una pagina.
E' possibile visualizzare il testo sorgente di ogni pagina cliccando sul bottone etichettato ”Modifica questa pagina” in cima o in fondo ad ogni pagina.
Non esiste uno standard di marcatura wiki attualmente, ma DokuWiki ha una sua sintassi che è simile alle altre.
Si possono comparare le differenze di sintassi con gli altri wiki su http://www.wikimatrix.org.